En los últimos cuatro años el rumbo de la Universidad Autónoma de Quintana Roo ha tenido una seria desaceleración tras la reciente reestructuración de su organización funcional; se encuentra en un momento crítico, el 30% de los programas de licenciatura han perdido calidad, los programas de posgrado están cerrando o salen del Sistema Nacional de Posgrados de CONACYT, falta financiamiento para la investigación y actividades para la formación del estudiantado, la infraestructura se ha deteriorado y el clima laboral hostil para el personal académico y de apoyo administrativo.